Da den nuværende Roskilde Domkirke stod færdig omkring 1282, var det ikke tanken, at Domkirken skulle fortsætte som kongelig gravkirke. Siden 1080 var ingen kongelige blevet begravet i Roskilde. Kongerne blev begravet andre steder, f.eks. Ringsted, Ribe og senere Sorø.

I 1412 blev Margrete 1. begravet i Sorø Klosterkirke. Kort efter blev hun flyttet til Roskilde Domkirke af hendes fostersøn Erik af Pommern. Her blev hun gravlagt lige midt i kirkens kor, efter en tre dage lang begravelsesfest. Her ligger hun stadig i en vældig sarkofag. Læs mere om Margrete 1. her. Roskilde Domkirke skulle være gravkirke for Kalmarunionens regenter, da Sorø Klosterkirke var for lille og for tæt forbundet med danske monarker såsom Valdemar Atterdag.

Erik af Pommern forlod den danske trone og blev begravet i Pommern. Hans efterfølger, Christoffer af Bayern, døde efter få år på tronen i 1448. Christoffer af Bayern menes at være begravet først i Domkirkens kor, for siden at blive flyttet til Helligtrekongers Kapel. Christoffer af Bayerns efterfølger blev Christian 1. (død 1481). Omkring 1461 opfører Christian 1. nemlig sit eget gravkapel, Helligtrekongers Kapel, hvor han og dronning Dorothea (død 1495) er begravet.

Kong Hans blev ikke begravet i Roskilde Domkirke, men i Gråbrødre Kirke i Odense, da hans dronning Christine (død 1521) havde tætte forbindelser til Franciskanerordenen. Efterfølgeren, Christian 2. (død 1559) forlod tronen i utide og senere fængslet for livstid. Han blev efter eget ønske også begravet i Odense. Christian 2.s efterfølger, Frederik 1., blev derimod begravet i Slesvig Domkirke i 1533.
 

Vi ved ikke med sikkerhed, om Harald Blåtand (død omk. 988) ligger begravet i Roskilde Domkirke. På samme vis er det tidligere blevet hævdet, at også Haralds søn, Svend Tveskæg (død 1014), er begravet her. Begge begravelser bygger på middelalderlige kilder, der er skrevet længe efter kongernes død. Der kan være tale om fejltolkningerne eller bevidste forsøg på, at knytte disse tidligere danske konger til Roskilde Domkirke af politiske årsager.

Mere sikkert er det, at Svend Estridsen (død 1074) er begravet i Roskilde Domkirke. Tæt på Svends grav finder man Estrids grav. Dette er tidligere blevet tolket som Svend Estridsens mor. Men en DNA-undersøgelse foretaget i 2005 påviste, at de to lig ikke er genetisk relateret. Meget taler for, at det i steder er Harald Hens dronning, Margrete (død 1080) også kendt som Estrid, der ligger begravet tæt på Svend i Domkirken.

Frederik 3. blev enevældig konge i 1660. Da han døde i 1670, blev hans kiste opstille i Christian 4.s kapel (læs mere om Christian 4. Kapel her). Her blev også ophængt et stort maleri, der viste den afdøde konge. Bemærkelsesværdigt er det, at der ikke blev gjort mere ud af gravmælet for Danmarks første enevældige konge.

Da Christian 5. døde i 1699, havde han kort forinden sikret sig en ny begravelsesplads i Roskilde Domkirke. Det gamle katolske højkor var blevet indrettet til formålet. I højkoret kom siden to sarkofager for Christian 5. og hans hustru, dronning Charlotte Amalie. Marmorkisterne viser scener fra kongens liv, herunder slaget ved Køge Bugt i 1677 under Skånske Krig.

Da Frederik 4. døde i 1730, blev han og hans første hustru, dronning Louise (død 1721), begravet i kirkens højkor. Frederik 4.s sidste dronning, Anne Sophie Reventlow, blev efter kongens død sat i husarrest. Da Anne Sophie døde i 1743, blev Roskilde Domkirkes nordre tårnkapel indrettet til hendes begravelse.
 

Christian 6. døde i 1746. Da hans søn Frederik 5. døde i 1766, besluttede man at bygge et nyt kapel, Frederik 5.s kapel (læs mere Frederik 5. Kapel her). Kapellet var opført til de to konger og deres dronninger, men kom siden til også at rumme Christian 7. (død 1808), Frederik 6. (død 1839), Christian 8. (død 1848) og Frederik 7. (død 1863).

To dronninger fandt dog ikke vej til kapellet. Christian 7.s dronning, Caroline Mathilde, der havde en affære med kongens læge, Johann Struensee. Ægteskabet blev opløst og Caroline Mathilde blev sendt ud af landet. Frederik 7. er kendt for sine forliste ægteskaber. Hans sidste hustru, Grevinde Danner, døde i 1874, men ønskede at blive begravet på Jægerspris Gods. Med Frederik 7. ophørte den Oldenborgske fyrstelinje med at regere i Danmark.
 

I midten af 1800-tallet stod det klart, at den oldenborgske slægt, som sad på den danske trone, ville uddø med Frederik 7. (født 1808, regent 1848-1863). Derfor begyndte man at søge efter en tronfølger, og i 1863 blev Christian 9. (født 1818, regent 1863-1906) konge af Danmark. Han var ud af hertughuset Glücksborg, der kunne spore sine aner tilbage til Christian 3. (født 1503, regent 1534-1559). Christian blev gift med Christian 8.s niece, Louise af Hessen (1817-1898), og det var et ægteskab, der drejede sig om kærlighed og ikke om politik. Ægteskabet fik alligevel meget stor politisk betydning, for det var gennem Louises arveret, at Christian senere blev dansk konge.

Christian 9. var den første af den glückburgske kongeslægt, og Glücksborgernes kapel fra 1923 blev bygget til Christian 9.s sarkofag. Både Frederik 8. og Christian 10. og deres dronninger er begravet i hans enkle kapel. Frederik 9. blev som den første konge begravet udenfor sammen med dronning Ingrid i et seperat og moderne kapel.

Dronning Margrethe 2.s kommende gravmæle derimod er allerede stillet op indenfor i Skt. Birgittes kapel. Læs mere Skt. Birgittes Kapel her