Lene Rasmussen er uddannet på Det kgl. Danske Musikkonservatorium i København ved domorganist Kristian Olesen og professor Bine Bryndorf med Kirkemusikalsk Diplomeksamen  i 1997 og derefter solisteksamen  i 2000 med speciale i renæssance og barok musik fra Schola Cantorum Basiliensis i Basel, Schweiz ved professor Jean-Claude Zehnder i orgel og  cembalo ved Andrea Marcon . Lene Rasmussen var ansat som organist ved Helsingør Domkirke og leder af Helsingør Domkirkes Drengekor fra 2000 indtil december 2007, siden da, organist og korleder ved Værløse Kirke. Lene Rasmussen er aktiv koncertsolist i Danmark og rundt omkring i Europa.