Margrete (1353-1412) var datter af Valdemar Atterdag. Hun blev som 10-årig bortgiftet til den 13 år ældre norske konge for at skabe en alliance mellem de to lande. Da Margrete var 22 døde Valdemar. Hun overtalte den danske adel til at lade hende regere landet indtil hendes søn, Oluf, blev myndig. 10 år senere er både hendes mand og søn døde. Margrete indtog nu officielt den danske trone - ikke som dronning af Danmark - men med titlen ”Fuldmægtig Frue og Husbond”. Hun var dog dronning i Norge og i Sverige. Med kløgt og magt samlede hun i 1397 Danmark, Norge og Sverige i Kalmarunionen. Unionen opløstes i 1523 efter Det Stockholmske Blodbad.

Ved siden af Margretes sarkofag er hendes bror junker Christoffer (død 1363), der også var søn af Valdemar Atterdag, men døde før sin fader. Til junkerens grav blev der et sted i Mellemeuropa bestilt et gravmæle hugget i alabast forestillende en ung ridder i fuld rustning. Det ankom også til kirken, men henlå til 1878 før det blev stillet op i højkoret.

Kæmpe kirkefest

Mens Christoffer blev begravet i Roskilde, skulle hans søster dronning Margrete efter eget ønske hvile i kirken i Sorø, hvor hendes far, bedstefader og søn var begravet. Men den daværende Roskildebisp Peder Jensen Lodehat, der gennem et langt liv havde været dronningens nære medarbejder, lod liget bortføre fra Sorø Kloster »næsten med vold mod munkene«, og i juli 1413 blev hendes bisættelse fejret med storslåede ceremonier af fostersønnen Erik af Pommern. Herved kom Margrete 1. til at indlede den lange, næsten ubrudte række af kongebegravelser i kirken, som hun i øvrigt havde skænket store gaver, og til hvis altre hun og hendes jomfruer havde syet alterduge.

Det prægtigste gravmæle fra middelalderen

Det imponerende gravmæle blev opstillet i 1423, og som vistnok blev udført i Lübeck. Det stod i middelalderen foran kirkens daværende højalter på den fornemste plads. Bag Margretes grav stod i den sene middelalder en højaltertavle fra 1498, der skal have været pragtfuld med mange helgenfigurer og meget sølv og guld; men den er - ligesom de omtrent 70 sidealtre, kirken havde dengang - forsvundet og kendes kun fra gamle beskrivelser. 

Margrete er gengivet som en ung kvinde, og hun var næsten 60 år, da hun døde. Figuren af Margrete viser hende både liggende og stående. Den skal vise, at selvom dronningen er død, vil kongemagten bestå. Inskriptionen fortæller, at Erik af Pommern i 1423 har rejst sarkofagen som et mindesmærke til Margretes ære. Den lyder: 1412 den højst navnkundige fyrstinde og frue Danmarks, Sverige og Norges dronning begravet her 4 juli. Skønt hele efterverdenen ikke formår at hædre hende som hun fortjener det. Selve figuren, der bortset fra kronen er den oprindelige, har måske en vis portrætlighed med den store dronning »Danmarks riges fuldmyndige frue og husbond«.

Et morsomt og realistisk træk er bjælderne på hendes kjole; de hørte med til mode dragten i 1400årene. En rigtig kjole der skal have tilhørt Margrete, og som også blev opbevaret i Domkirken, blev bortført af de svenske tropper i årene 1658-60 og er nu i Uppsala. Oppe i udstillingen kan ses en kopi af den gyldne kjole. Gravmælets udsmykning gik i øvrigt til grunde i tidens løb, og de figurer, der nu pryder dets sider, er fra omkring 1900. Det indre er blevt undersøgt med et kikkertkamera og sarkofagen indeholder en metalkiste som forventet.